射精后阴茎会变软，主要原因是与生理和神经系统的反应有关。射精是一个复杂的过程，涉及到神经、肌肉、血管和荷尔蒙的相互作用。

射精过程中，大脑会释放一系列神经递质，包括多巴胺和血清素，导致快感和满足感。当射精完成后，身体会分泌一种叫做催乳素的激素，这种激素在性高潮后急剧上升，抑制了性欲的产生。催乳素的增加与多巴胺的减少共同作用，导致性兴奋的消退。

射精后，负责维持阴茎勃起的交感神经兴奋性降低，阴茎内的血管开始收缩，血液从海绵体中流出，导致勃起的消退。射精后阴茎处于一个称为不应期的阶段，在此期间，男性通常无法再次勃起或射精，这是身体的自然恢复过程。

因此，射精后阴茎变软是生理机制的正常反应，标志着性反应周期的结束。