慢性肾盂肾炎通常是由急性肾盂肾炎延续而来。如果急性肾盂肾炎得不到充分治疗，或者治疗不当，疾病可能反复发作，有可能演变成慢性肾盂肾炎。最常见引发慢性肾盂肾炎的致病菌是大肠埃希杆菌，感染途径主要是向上蔓延感染。致病菌从尿道进入膀胱引起膀胱炎，继而向上延伸至输尿管，渗入肾脏，引发肾盂肾炎。通常情况下，正常人尿道口会有少量细菌存在，但一般不会导致感染；只有在尿道黏膜受损、体内免疫力下降时，才可能发生感染。另外，部分肾盂肾炎患者是因血液传播感染引起的。肾盂肾炎发作后可能导致肾功能受损。