急性肾炎综合征通常是由感染引起的，其中以A族β溶血性链球菌感染最为普遍。根据链球菌细胞壁上M蛋白的免疫特性不同，可以将这种链球菌分成多个不同亚型，这些亚型会引发特定类型的肾炎感染。 咽峽炎后急性链球菌感染性肾小球肾炎的主要病原菌是1型和4型链球菌。近年来发现了两种主要引起疾病的链球菌抗原成分。肾炎相关链球菌的纤溶酶受体和链球菌产生的外毒素B。肾炎相关链球菌纤溶酶受体可在急性肾小球肾炎病患的早期组织活检中发现，92%的急性肾小球肾炎患者和60%的无并发症链球菌感染患者在康复期血清中也可检测到这一抗体。另一个备受关注的病原体是链球菌热源性外毒素B，它是由致病性链球菌分泌的阳离子外纤溶酶与受体结合而成。研究表明，高链球菌热原性外毒素B是引起急性链球菌感染后肾小球肾炎的主要致病原。