目前还不清楚单纯性肾囊肿究竟是天生的还是后天形成的。 它的来源可能类似于多囊肾，只是程度有所不同。目前医学尚未找到有效治疗肾囊肿的特定方法。对于小型肾囊肿，如果没有出现任何症状，则无需进行治疗，但需要定期复查，检查囊肿是否继续增大。建议无症状者定期做尿液检查，内容包括尿常规和尿培养，并每半年至一年检查一次肾功能，包括检测内生肌酐清除率。由於感染是导致病情恶化的重要因素之一，因此除非十分必要，应尽量避免进行尿路创伤性检查。肾囊肿的穿刺治疗效果有限，容易感染和复发，经长期观察发现，这种手术也无法延缓肾功能受损的出现。进行囊肿手术切除并非易事，因为肾表面的囊肿可做手术切除，而深处的囊肿切除则相当困难。当发现肿块较大且可能存在恶变时，可考虑进行手术检查。若证实为良性囊肿，可切除肾表面上的囊肿壁，然后用肠线沿边缘连续缝合到肾实质上，最后涂抹常规药物在残留的囊肿壁上。肾脏一侧遭受广泛损害，而另一侧肾功能正常时，可以考虑实施肾切除手术。