肾结石手术的后遗症与手术方式息息相关，具体情况如下：1、体外冲击波碎石可在门诊操作，即利用特制机器释放震波，将能量集中在肾结石处，通过震波让结石变小，可能会导致局部血肿。若肾受损较严重，可造成肾脏萎缩，因此临床上体外冲击波碎石不宜超过三次；2、逆行输尿管镜又名输尿管软镜，逆流通过尿道使用镜子，手术后结石可能残留，因为将大结石切碎成小结石，靠尿液冲洗和重力自行排出，可能留下残留物或引发感染；3、经皮肾镜需在人体和肾脏结石之间建立通道，风险较高。由于肾脏供血丰富，容易出血，在碎石过程中易感染，穿刺时可能会损伤脾脏、肝脏，甚至直肠等器官。