目前对于肉芽肿性前列腺炎的病因还不清楚，但通常认为肉芽肿性前列腺炎可能是由于泌尿系感染、尿道前列腺电切术、或前列腺切除术、前列腺穿刺活检、或卡介苗膀胱灌注治疗后继发。因此，肉芽肿性前列腺炎被认为是一种可能由自身免疫性导致的一种针对前列腺分泌物中蛋白质的反应性疾病。目前认为主要是对前列腺特异性抗原的反应。在急性非特异性前列腺炎的基础上，伴有局部超敏反应后，也可能发生肉芽肿性前列腺炎。在结核分枝杆菌、真菌、病毒和寄生虫感染后，可能引起特异性的肉芽肿性前列腺炎。