大部分的肾囊肿并不会导致肾功能下降。有些肾囊肿，例如多发性肾囊肿，可能会引起肾功能下降，尤其是遗传性疾病多囊肾。多囊肾其实不算肾囊肿，而是肾脏长出很多囊最后形成一个大囊，称为多囊性肾病。这种病会逐渐影响肾功能，甚至导致慢性肾衰竭。一些患者需要接受透析或肾移植。因此，普通的肾囊肿对肾功能的影响非常轻微。除非肾囊肿压迫了集合系统导致积水或压迫了血管系统导致肾缺血，才可能间接影响肾功能。总的来说，大多数情况是不会对肾功能产生影响的。