肾囊肿手术后通常不太会引发腰疼。这是因为肾囊肿手术本身并不是一个非常复杂的手术，目前一般采用腹腔镜微创手术进行治疗，而且这种手术的创伤很小，只要术后得当，通常不会出现腰疼情况。但是腰疼的可能性仍然存在。首先，因为腹腔镜手术需要切几个小口，有时这些口可能会损伤肋间神经。如果肋间神经受损，患者可能会在术后出现神经炎或者麻木、疼痛的情况，这是可能发生的情况之一。其次，在手术后期或手术过程中，伤口感染也可能导致腰部疼痛。最后，由于手术后需要引流囊液，如果囊液引流不畅导致肾囊肿的液体渗入周围组织，可能导致引流不畅，伤口愈合困难，从而引发疼痛。