目前还不清楚原发性小血管炎的确切病因和发病机制，但有可能的因素包括感染、免疫反应、环境和遗传。 韦格纳肉芽肿患者虽然有可能累及任何器官，但最初表现为呼吸道受累，最常见的症状是鼻窦炎和鼻炎，随后可能出现肺部中间粒细胞性肺泡炎和肾小球肾炎，这可能预示着疾病的发展过程。鼻炎和鼻窦炎的继发感染通常是由金黄色葡萄球菌引起的。 另外，免疫系统也在原发性小血管炎肾损害的发病机制中发挥作用。ANCA是一种自身抗体，其特异抗原包括中性粒细胞的胞质颗粒和单核细胞的溶酶体成分。通过应用间接免疫荧光技术观察经酒精固定的中性粒细胞，可以观察到ANCA存在两种不同的分布形式。抗体在细胞质中均匀分布，属于胞质型，其靶向抗原为蛋白酶-3。另外一种显示环形排列的类型是核周型，其靶向抗原为髓过氧化酶。另外有研究认为硅颗粒可能也对韦格纳氏肉芽肿的发病起着作用。近年来，研究者们也关注遗传因素与原发性小血管炎易感性之间的联系。