男性小便时感到阴茎疼痛的症状，需要根据具体病因进行治疗。可能是因为发生了阴茎外伤、尿道炎症或龟头炎症等疾病，这些情况都可能引起小便疼痛，因此治疗方法会有所不同。如果患者有明确的阴茎外伤史，可能会导致尿道损伤和阴茎水肿，建议在外伤痊愈前留置导尿管，并使用地奥司明片消肿进行治疗，必要时也可以用止痛药。如果是尿道炎或龟头炎引起的疼痛，需要积极进行抗炎治疗。对于由尿道炎引起的疼痛，可以口服左氧氟沙星胶囊或静脉注射左氧氟沙星进行治疗。对于由龟头炎引起的疼痛，可以在龟头上使用复方多粘菌素B软膏进行消炎治疗。