原发性肾小管性酸中毒与遗传相关，是一种常见的常染色体显性遗传疾病，通常具有家族史，但也可以是散发性的。继发性肾小管性酸中毒可以由多种疾病引起，最常见的是慢性肾小管间质性肾炎，特别是慢性肾盂肾炎。其他包括海绵肾、Fabry病、特发性高钙尿症等一些先天遗传性肾脏疾病也可能导致这种病症。在中国，继发于舍格伦综合征、系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病的远端性肾小管酸中毒有较高的发病率。此外，在棉花产区存在因食用生棉籽油引起的棉酚中毒所致的远端性肾小管酸中毒的报道。