目前，治疗局灶节段性肾小球硬化的主要药物包括激素和细胞毒药物，除了一般的降压和利尿治疗。 尽管治疗效果有限，但有些患者在接受激素治疗后，可以完全缓解或减少尿蛋白的排出。大多数局灶节段性肾小球硬化患者在接受激素治疗的早期会显示出激素抵抗，只有少数患者对激素有一定敏感度或者部分有效，或者是激素依赖性的。有研究指出，激素和细胞毒类药物交替使用可以增加患有局灶节段性肾小球硬化的患者的治疗缓解率。结合细胞毒类药物和激素治疗可以维持局部节段性肾小球硬化患者的病情稳定，并减少病情复发的可能性。有人报告称，环孢霉素A治疗局部节段性肾小球肾炎的缓解率高达20%到60%，比传统激素治疗效果更佳。在合并肾功能受损的患者中，应该小心使用环孢素A，因为会加重环孢素A的肾毒性。局灶节段性肾小球硬化的预后较差，患者的病情走向主要取决于蛋白尿的严重程度、肾脏病理改变的程度以及对治疗的反应。